在引起小阴茎、小睾丸的病因中，以睾丸病变、下丘脑或脑垂体功能不全最多见。

1、高促性腺激素性腺机能低下症，病变在睾丸。该病患者的下丘脑与脑腺体功能正常，他们能正常分泌促性腺激素，但是睾丸有问题，不能接受促性腺激素的指令，因此不能正常生产睾丸酮(雄性激素)，出现阴茎不发育或发育不全等。

2、而另一种病因，低促性腺激素性腺机能低下病则是下丘脑或脑腺体病变引起的，也就是睾丸功能虽然正常，但接受不到来自下丘脑或脑腺体促性腺激素的指令，照样不会分泌睾丸酮。以上两种病的共同特点是体内缺乏睾丸酮。很多资料表明，小阴茎患者体内睾丸酮水平远远低于正常人。所以临床上遇到阴茎短小、小睾九患者，必须进行辨证施治，以明确诊断，才可制定方案治疗。

3、出生后到青春期前这期间，睾丸间质细胞基本处于静止状态，不分泌雄性激素，体内雄性激素主要来源于肾上腺，浓度不高。但在8一9岁期间，肾上腺分泌的雄性激素有较多增加，这也有助于在这一段时间阴茎的生长发育。青春期启动后，不仅雄性激素大量增加，而且阴茎上的雄性激素受体增加，对雄性激素的敏感性增加，从而促进阴茎、睾丸进一步发育。因此，在青春期任何造成雄性激素合成和分泌障碍因素，都可影响阴茎的发育，形成阴茎短小。青春期后，阻茎的结构和功能的维持，仍有赖于雄性激素。同样任何致使雄性激素合成和分泌障碍的原因，均可使阴茎不能维持原来状态而发育萎缩，形成阳缩症。